El Nivel Secundario del Instituto Albert Einstein posee un Proyecto Educativo propio, aprobado por Disposición del Consejo de Educación de la DGCyE. Este incrementa la carga horaria en diversas materias, crea espacios de aprendizaje y experimentación, y propone dinámicas grupales particulares. A su vez, un factor importante, que permite realizar abordajes pedagógicos diferenciales y generar un vínculo estrecho entre estudiantes y docentes es la cantidad reducida de alumnos por aula.

En el Ciclo Superior Orientado se ofrece un plan de estudios propio con dos orientaciones: Ciencias Sociales y Ciencias Naturales. Nuestro proyecto estipula tanto para el Quinto como para el Sexto Año, la incorporación de la materia Introducción a los Estudios Universitarios, espacio curricular que las y los estudiantes deberán elegir dentro de la propuesta que la Escuela les ofrece. Además de profundizar en determinadas temáticas, estas materias ofrecen a los alumnos un acercamiento a las distintas propuestas respecto a los estudios terciarios y/o universitarios, un acercamiento a distintos campos laborales y profesionales.